Obtenção de marcadores microssatélites para Pseudoplatystoma reticulatum a partir de primers heterólogos
DOI:
https://doi.org/10.5433/1679-0359.2021v42n3p1323Palavras-chave:
B. rousseauxii, Cachara, Genetic variability, Heterologous markers, Population genetics, P. punctifer.Resumo
Estudos acerca da composição genética de populações de peixes contribuem para a elaboração de práticas conservacionista, bem como para controle da consanguinidade em estoques de piscicultura. Neste sentido, ferramentas moleculares como os marcadores microssatélites (SSR’s) são comumente utilizados, contudo, seu desenvolvimento corresponde a um processo caro e demorado. Surge como alternativa a utilização dos marcadores heterólogos, originalmente desenvolvidos para uma espécie, mas que podem ser utilizados de maneira rápida em outras taxonomicamente relacionadas. O objetivo desta pesquisa foi testar de maneira inédita a utilização de marcadores SSR’s de Brachyplatystoma rousseauxi e Pseudoplatystoma punctifer em P. reticulatum. Para tanto, foram extraídas amostras de DNA a partir de fragmentos de nadadeira caudal de 222 indivíduos adultos de P. reticulatum por metodologia a base de NaCl. As amostras foram então amplificadas por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) utilizando-se seis marcadores, quatro de B. rousseauxi (BR38, 47, 51 e 61) e dois de P. punctifer (PPU13 e PPU15). Dois primers apresentaram amplificação inespecífica e foram desconsiderados (BR38 e PPU13). Entre os quatro restantes, o número de alelos por locus variou entre dois (BR47) a dezesseis (BR51), com tamanho médio de alelos entre 142 e 400 pb. O número efetivo médio de alelos por locus variou de 10,650 (BR51) à 1,784 (BR47), com alelos nulos ou de baixa frequência presentes em todos os loci estudados. Os valores de heterozigosidade observada variaram de 0,299 (BR47) à 0,640 (BR51), e foram sempre menores que os de heterozigosidade esperada. O Equilíbrio de Hardy-Weinberg foi significativo (P < 0,05) em todos os locus e o coeficiente de endogamia Fis sempre apresentou valores positivos. Os valores de Conteúdo de Informação Polimórfica (PIC) confirmaram a eficiência dos marcadores utilizados, já que possuíram de moderado (BR47) a alto nível de informação (BR51, BR61 e PPU15). O teste de transferibilidade de marcadores moleculares microssatélites heterólogos, originalmente desenvolvidos para B. rousseauxi e P. punctifer em P. reticulatum se mostrou eficiente, produzindo três primers com alto nível de informação, fato que garante sua utilização segura em estudos populacionais futuros voltados à esta espécie.Downloads
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Referências
Abdul-Muneer, P. M., Gopalakrishnan, A., Shivanandan, R., Basher, V. S., & Ponniah, A. G. (2011). Genetic variation and phylogenetic relationship between two species of yellow catfish, Horabagrus brachysoma and H. nigricollaris (Teleostei: Horabagridae) based on RAPD and microsatellite markers. Molecular Biology Reports, 38(4), 2225-2232. doi: 10.1007/s11033-010-0352-3
Abdul-Muneer, P. M. (2014). Application of microsatellite markers in conservation genetics and fisheries management: recent advances in population structure analysis and conservation strategies: review article. Genetics Research International, 2014(6), 1-11. doi: 10.1155/2014/691759
Albuquerque, D. M., Oliveira, A. L., Rodriguez Rodriguez, M. D., & Ribeiro, R. P. (2020). Variabilidade genética de Pseudoplatystoma reticulatum de um programa de melhoramento genético no Brasil. Revista Ciência Agronômica, 51(1), e20164786. doi: 10.5935/1806-6690.20200007
Bassam, B. J., Caetano-Anollés, G., & Gresshoff, P. M. (1991). Fast and sensitive silver staining of DNA in polyacrylamide gels. Analytical Biochemistry, 196(1), 80-83. doi: 10.1016/0003-2697(91)90120-i
Batista, J. S., Farias, I. P., Formiga-Aquino, K., Sousa, A. C. B., & Alves-Gomes, J. A. (2010). DNA microsatellite markers for ‘‘dourada’’ (Brachyplatystoma rousseauxii, Siluriformes: Pimelodidae), a migratory catfish of utmost importance for fisheries in the Amazon: development, characterization and inter-specific amplification. Conservation Genetic Resources, 2(1), 5-10. doi: 10.1007/s12686-009-91 17-5
Botstein, D., White, R. L., Skolnick, M., & Davis, R. W. (1980). Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human Genetics, 32(3), 314-331.
Brazilian Association of Fish Farming (2020). Anuário peixe BR da piscicultura. São Paulo, SP: Autor.
Calcagnotto, D., & DeSalle, R. (2009). Population genetic structuring in pacu (Piaractus mesopotamicus) across the Paraná-Paraguay basin: evidence from microsatellites. Neotropical Ichthyology, 7(4), 607-616. doi: 10.1590/S1679-62252009000400008
Campos, J. L. (2010). O cultivo do pintado (Pseudoplatystoma corruscans, Spix; Agassiz, 1829), outras espécies do gênero Pseudoplatystoma e seus híbridos. In B. Baldisserotto, & L. C. Gomes (Eds.), Espécies nativas para piscicultura no Brasil (pp. 335-361). Santa Maria, RS: Ed. da UFSM.
Carvalho, D. C., Seerig, A. S., Brasil, B. S. A. F., Crepaldi, D. V., & Oliveria, D. A. A. (2013). Molecular identification of the hybrid between the catfish species Pseudoplatystoma corruscans and Pseudoplatystoma reticulatum using a set of eight microsatellite markers. Journal of Fish Biology, 83(3), 671-676. doi: 10.1111/jfb.12194
Castro, P. L., Ribeiro, R. P., Alves, S. C., Goes, E. S., Souza, F. P., Poveda-Parra, A. R.,... Lopera-Barrero, N. M. (2017). Cross-amplification of heterologous microsatellite markers in Piracanjuba. Ciência Rural, 47(12), e20170374. doi: 10.1590/0103-8478cr20170374
Kalinowski, S. T., Taper, M. L., & Marshall, T. C. (2007). Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity assignment. Molecular Ecology, 16(5), 1099-1106. doi: 10.1111/j.1365-294X.2007.03089.x
Lopera-Barrero, N. M., Povh, J. A., Ribeiro, R. P., Gomes, P. C., Jacometo, C. B., & Lopes, T. S. (2008). Comparación de protocolos de extracción de ADN com muestras de aleta y larva de peces: extracción modificada con sal (NaCl). Ciencia e Investigación Agraria, 35(1), 15-24. doi: 10.4067/S0718-162020 08000100008
Lopera-Barrero, N. M., Povh, J. A., Sirol, R. N., Rodriguez-Rodriguez, M. P., Lima, E. C. S., Poveda-Parra, A. R.,… Ribeiro, R. P. (2016). Genetic diversity of pacu and piapara broodstocks in restocking programs in the rivers Paraná and Paranapanema (Brazil). Semina: Ciências Agrárias, 37(4), 2365-2374. doi: 10.5433/1679-0359.2016v37n4Supl1p2365
Maduna, S. N., Rossouw, C., Roodt-Wilding, R., & Merwe, A. E. B. (2014). Microsatellite cross-species amplification and utility in southern African elasmobranchs: a valuable resource for fisheries management and conservation. BMC Research Notes, 7(352), 1-12. doi: 10.1186/1756-0500-7-352
Mantovani, L. S. C. (2018). Diversidade genética em estoques de jundiá da Amazônia (Leirarius marmoratus). Dissertação de mestrado, Universidade Estadual de Maringá, Maringá, Paraná, Brasil. Recuperado de http://repositorio.uem.br:8080/jspui/handle/1/4715
Ochoa, L. E., Pereira, L. H. G., Costa-Silva, G. J., Roxo, F. F., Batista, J. S., Formiga, K.,... Oliveira, C. (2015). Genetic structure and historical diversification of catfish Brachyplatystoma platynemum (Siluriformes: Pimelodidae) in the Amazon basin with implications for its conservation. Phylogeography of B. platynemum. Ecology and Evolution, 5(10), 2005-2020. doi: 10.1002/ece3.1486
Oosterhout, C. V., Hutchinson, W. F., Wills, D. P. M., & Peter, S. (2004). MICRO-CHECKER: Software for identifying and correcting genotyping errors in microsatellite data. Molecular Ecology Notes, 4(3), 535-538. doi: 10.1111/j.1471-8286.2004.00684.x.ISSN 1365-294X
Peakall, R., & Smouse, P. E. (2012). GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research an update. Bioinformatics, 28(19), 2537-2539. doi: 10.1093/bioinformatics/bts 460
Prado, F. D., Pardo, B. G., Guerra-Varela, J., Senhorini, J. A., Martínez, P., Foresti, F., & Porto-Foresti, F. (2014). Development and characterization of 16 microsatellites for the Neotropical catfish Pseudoplatystoma reticulatum and cross species analysis. Conservation Genetic Resource, 6(1), 679-681. doi: 10.1007/s12686-014-0180-1.
Povh, J. A., Ribeiro, R. P., Sirol, R. N., Streit, D. P., Jr., Moreira, H. L. M., Siewerdt, F.,... Vargas, L. (2010). Microsatellite analysis of the parental contribution of Piaractus mesopotamicus to the production of offspring in the semi-natural system of reproduction. Brazilian Archives of Biology and Technology, 53(2), 389-396. doi: 10.1590/S1516-89132010000200018
Ribeiro, R. P., Rodriguez-Rodriguez, M. P., Resende, E. K., Pinheiro, F. S., Povh, J. A., Poveda-Parra, A. R.,… Lopera-Barrero, N. M. (2016). Caracterização genética de estoques de Tambaqui do Estado de Rondônia (Brasil): implicações na produção e na conservação. Semina: Ciências Agrárias, 37(4), 2375-2385. doi: 10.5433/1679-0359.2016v37n4Supl1p2375
Saulo-Machado, A. C., Formiga, K. M., Ortiz, M. F., Sousa, A. C. B., Alves-Gomes, J. A., & Batista, J. S. (2011). Polymorphic microsatellite DNA markers for the Amazonian catfish Pseudoplatystoma punctifer (Siluriformes: Pimelodidae). Conservation Genetic Resource, 3(2), 307-310. doi: 10.1007/s12 686-010-9349-4
Souza, F. P., Lima, E. C. S., Leite, N. G., Urrea-Rojas, A. M., Yamachita, A. L., Pandolfi, V. C. F., & Lopera-Barrero, N. M. (2018). Transferability of heterologous microsatellite primers in Brycon gouldingi. Ciência Rural, 48(11), 1-6. doi: 10.1590/0103-8478cr20180412
Sudheer, P. D. V., Mastan, N. S. G., Rahman, H., Ravi Prakash, C., Singh, S., & Reddy, M. P. (2011). Cross species amplification ability of novel microsatellites isolated from Jatropha curcas and genetic relationship with sister taxa: cross species amplification and genetic relationship of Jatropha using novel microsatellites. Molecular Biology Reports, 38(2), 1383-1388. doi: 10.1007/s11033-010-0241-9
Sun, D. Q., Li, H. Y., Xu, T. J., & Wang, R. X. (2012). Development of microsatellite markers for the small yellow croaker Larimichthys polyactis (Sciaenidae) by cross-species amplification. Genetics and Molecular Research, 11(2), 1469-1474. doi: 10.4238/2012
Virmond, M., Conceição, D., Amaral, H., Jr., & Petersen, R. L. (2017). Genetic variability of captive populations of Rhamdia quelen (Teleostei: Pimelodidae) using microsatellite markers. Biotemas, 30(4), 51-58. doi: 10.5007/2175-7925.2017v30n4p51
Abdul-Muneer, P. M. (2014). Application of microsatellite markers in conservation genetics and fisheries management: recent advances in population structure analysis and conservation strategies: review article. Genetics Research International, 2014(6), 1-11. doi: 10.1155/2014/691759
Albuquerque, D. M., Oliveira, A. L., Rodriguez Rodriguez, M. D., & Ribeiro, R. P. (2020). Variabilidade genética de Pseudoplatystoma reticulatum de um programa de melhoramento genético no Brasil. Revista Ciência Agronômica, 51(1), e20164786. doi: 10.5935/1806-6690.20200007
Bassam, B. J., Caetano-Anollés, G., & Gresshoff, P. M. (1991). Fast and sensitive silver staining of DNA in polyacrylamide gels. Analytical Biochemistry, 196(1), 80-83. doi: 10.1016/0003-2697(91)90120-i
Batista, J. S., Farias, I. P., Formiga-Aquino, K., Sousa, A. C. B., & Alves-Gomes, J. A. (2010). DNA microsatellite markers for ‘‘dourada’’ (Brachyplatystoma rousseauxii, Siluriformes: Pimelodidae), a migratory catfish of utmost importance for fisheries in the Amazon: development, characterization and inter-specific amplification. Conservation Genetic Resources, 2(1), 5-10. doi: 10.1007/s12686-009-91 17-5
Botstein, D., White, R. L., Skolnick, M., & Davis, R. W. (1980). Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human Genetics, 32(3), 314-331.
Brazilian Association of Fish Farming (2020). Anuário peixe BR da piscicultura. São Paulo, SP: Autor.
Calcagnotto, D., & DeSalle, R. (2009). Population genetic structuring in pacu (Piaractus mesopotamicus) across the Paraná-Paraguay basin: evidence from microsatellites. Neotropical Ichthyology, 7(4), 607-616. doi: 10.1590/S1679-62252009000400008
Campos, J. L. (2010). O cultivo do pintado (Pseudoplatystoma corruscans, Spix; Agassiz, 1829), outras espécies do gênero Pseudoplatystoma e seus híbridos. In B. Baldisserotto, & L. C. Gomes (Eds.), Espécies nativas para piscicultura no Brasil (pp. 335-361). Santa Maria, RS: Ed. da UFSM.
Carvalho, D. C., Seerig, A. S., Brasil, B. S. A. F., Crepaldi, D. V., & Oliveria, D. A. A. (2013). Molecular identification of the hybrid between the catfish species Pseudoplatystoma corruscans and Pseudoplatystoma reticulatum using a set of eight microsatellite markers. Journal of Fish Biology, 83(3), 671-676. doi: 10.1111/jfb.12194
Castro, P. L., Ribeiro, R. P., Alves, S. C., Goes, E. S., Souza, F. P., Poveda-Parra, A. R.,... Lopera-Barrero, N. M. (2017). Cross-amplification of heterologous microsatellite markers in Piracanjuba. Ciência Rural, 47(12), e20170374. doi: 10.1590/0103-8478cr20170374
Kalinowski, S. T., Taper, M. L., & Marshall, T. C. (2007). Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity assignment. Molecular Ecology, 16(5), 1099-1106. doi: 10.1111/j.1365-294X.2007.03089.x
Lopera-Barrero, N. M., Povh, J. A., Ribeiro, R. P., Gomes, P. C., Jacometo, C. B., & Lopes, T. S. (2008). Comparación de protocolos de extracción de ADN com muestras de aleta y larva de peces: extracción modificada con sal (NaCl). Ciencia e Investigación Agraria, 35(1), 15-24. doi: 10.4067/S0718-162020 08000100008
Lopera-Barrero, N. M., Povh, J. A., Sirol, R. N., Rodriguez-Rodriguez, M. P., Lima, E. C. S., Poveda-Parra, A. R.,… Ribeiro, R. P. (2016). Genetic diversity of pacu and piapara broodstocks in restocking programs in the rivers Paraná and Paranapanema (Brazil). Semina: Ciências Agrárias, 37(4), 2365-2374. doi: 10.5433/1679-0359.2016v37n4Supl1p2365
Maduna, S. N., Rossouw, C., Roodt-Wilding, R., & Merwe, A. E. B. (2014). Microsatellite cross-species amplification and utility in southern African elasmobranchs: a valuable resource for fisheries management and conservation. BMC Research Notes, 7(352), 1-12. doi: 10.1186/1756-0500-7-352
Mantovani, L. S. C. (2018). Diversidade genética em estoques de jundiá da Amazônia (Leirarius marmoratus). Dissertação de mestrado, Universidade Estadual de Maringá, Maringá, Paraná, Brasil. Recuperado de http://repositorio.uem.br:8080/jspui/handle/1/4715
Ochoa, L. E., Pereira, L. H. G., Costa-Silva, G. J., Roxo, F. F., Batista, J. S., Formiga, K.,... Oliveira, C. (2015). Genetic structure and historical diversification of catfish Brachyplatystoma platynemum (Siluriformes: Pimelodidae) in the Amazon basin with implications for its conservation. Phylogeography of B. platynemum. Ecology and Evolution, 5(10), 2005-2020. doi: 10.1002/ece3.1486
Oosterhout, C. V., Hutchinson, W. F., Wills, D. P. M., & Peter, S. (2004). MICRO-CHECKER: Software for identifying and correcting genotyping errors in microsatellite data. Molecular Ecology Notes, 4(3), 535-538. doi: 10.1111/j.1471-8286.2004.00684.x.ISSN 1365-294X
Peakall, R., & Smouse, P. E. (2012). GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research an update. Bioinformatics, 28(19), 2537-2539. doi: 10.1093/bioinformatics/bts 460
Prado, F. D., Pardo, B. G., Guerra-Varela, J., Senhorini, J. A., Martínez, P., Foresti, F., & Porto-Foresti, F. (2014). Development and characterization of 16 microsatellites for the Neotropical catfish Pseudoplatystoma reticulatum and cross species analysis. Conservation Genetic Resource, 6(1), 679-681. doi: 10.1007/s12686-014-0180-1.
Povh, J. A., Ribeiro, R. P., Sirol, R. N., Streit, D. P., Jr., Moreira, H. L. M., Siewerdt, F.,... Vargas, L. (2010). Microsatellite analysis of the parental contribution of Piaractus mesopotamicus to the production of offspring in the semi-natural system of reproduction. Brazilian Archives of Biology and Technology, 53(2), 389-396. doi: 10.1590/S1516-89132010000200018
Ribeiro, R. P., Rodriguez-Rodriguez, M. P., Resende, E. K., Pinheiro, F. S., Povh, J. A., Poveda-Parra, A. R.,… Lopera-Barrero, N. M. (2016). Caracterização genética de estoques de Tambaqui do Estado de Rondônia (Brasil): implicações na produção e na conservação. Semina: Ciências Agrárias, 37(4), 2375-2385. doi: 10.5433/1679-0359.2016v37n4Supl1p2375
Saulo-Machado, A. C., Formiga, K. M., Ortiz, M. F., Sousa, A. C. B., Alves-Gomes, J. A., & Batista, J. S. (2011). Polymorphic microsatellite DNA markers for the Amazonian catfish Pseudoplatystoma punctifer (Siluriformes: Pimelodidae). Conservation Genetic Resource, 3(2), 307-310. doi: 10.1007/s12 686-010-9349-4
Souza, F. P., Lima, E. C. S., Leite, N. G., Urrea-Rojas, A. M., Yamachita, A. L., Pandolfi, V. C. F., & Lopera-Barrero, N. M. (2018). Transferability of heterologous microsatellite primers in Brycon gouldingi. Ciência Rural, 48(11), 1-6. doi: 10.1590/0103-8478cr20180412
Sudheer, P. D. V., Mastan, N. S. G., Rahman, H., Ravi Prakash, C., Singh, S., & Reddy, M. P. (2011). Cross species amplification ability of novel microsatellites isolated from Jatropha curcas and genetic relationship with sister taxa: cross species amplification and genetic relationship of Jatropha using novel microsatellites. Molecular Biology Reports, 38(2), 1383-1388. doi: 10.1007/s11033-010-0241-9
Sun, D. Q., Li, H. Y., Xu, T. J., & Wang, R. X. (2012). Development of microsatellite markers for the small yellow croaker Larimichthys polyactis (Sciaenidae) by cross-species amplification. Genetics and Molecular Research, 11(2), 1469-1474. doi: 10.4238/2012
Virmond, M., Conceição, D., Amaral, H., Jr., & Petersen, R. L. (2017). Genetic variability of captive populations of Rhamdia quelen (Teleostei: Pimelodidae) using microsatellite markers. Biotemas, 30(4), 51-58. doi: 10.5007/2175-7925.2017v30n4p51
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Publicado
2021-03-19
Como Citar
Penafort, J. M., Mantovani, L. S. C., Granzoto, G. H., Castro, P. L. de, Alves, L. F. de S., Souza, F. P. de, … Ribeiro, R. P. (2021). Obtenção de marcadores microssatélites para Pseudoplatystoma reticulatum a partir de primers heterólogos. Semina: Ciências Agrárias, 42(3), 1323–1334. https://doi.org/10.5433/1679-0359.2021v42n3p1323
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