Isolamento de RNA total de alta qualidade a partir de frutos de melão (Cucumis melo L.) contendo altos níveis de polissacarídeos

Resumo

O melão pertencente à família Cucurbitaceae é o quarto fruto mais importante no mercado mundial e a fruta mais exportada pelo Brasil. Muitas técnicas moleculares utilizadas para compreender a maturação destes frutos requerem o uso de RNA altamente purificado e em alta concentração. Entretanto, o elevado nível de compostos polifenólicos e polissacarídeos nos frutos tornam a extração de RNA um desafio. Este trabalho teve por objetivo determinar o método mais adequado para extração de RNA total em frutos de melão. Seis diferentes tampões de extração foram testados: T1) tiocianato de guanidina/fenol/clorofórmio; T2) azida de sódio/?-mercaptoetanol; T3) fenol/tiocianato de guanidina, T4) CTAB/PVP/?-mercaptoetanol, T5) SDS/perclorato de sódio/PVP/?-mercaptoetanol e T6) sarcosil/PVP/tiocianato de guanidina associado com AxyPrep TM Multisource Total RNA Miniprep Kit. O melhor método para extração do RNA tanto de fruto verde quanto maduro foi o baseado no tampão SDS/PVP/?-mercaptoetanol, por gerar material íntegro e de qualidade em grande quantidade, associado à rapidez de execução. Em geral, maiores quantidades de RNA foram obtidas a partir de frutos verdes, provavelmente devido à baixa concentração de polissacarídeos e água. O material purificado poderá ser utilizado como molde em técnicas de estudos moleculares como microarrays, RT-PCR e bibliotecas de cDNA e RNAseq, pelo qual foi testado.