Diversidade genética de estoque de Tambaqui (Teleostei - Characidae) da região Norte do Brasil usando marcadores microssatélites

Autores

DOI:

https://doi.org/10.5433/1679-0359.2020v41n6Supl2p3249

Palavras-chave:

Colossoma macropomum, Conservação, Microssatélites, SSR, Variabilidade genética.

Resumo

O peixe amazônico Tambaqui (Colossoma macropomum) é a espécie nativa mais produzida no Brasil. Esta espécie é a mais criada na região Norte, principalmente no Estado de Rondônia. A avaliação genética de Tambaqui é extremamente importante para aumentar a produtividade nas pisciculturas ou melhorar a adaptabilidade no repovoamento de populações naturais. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade genética de três estoques de Tambaqui em Rondônia, Brasil. Seis marcadores microssatélites foram utilizados para analisar um total de 89 reprodutores coletados em três pisciculturas localizadas em Ji-Paraná (JP), Ouro Preto do Oeste (OP) e Presidente Médici (PM). Foram encontrados 37 alelos entre 140 e 310 pb, incluindo a presença de alelos exclusivos e de baixa frequência nas três ninhadas. Os valores médios de heterozigosidade observada variaram de 0,404 (PM) a 0,499 (JP). Os valores do coeficiente de FIS foram positivos para as três ninhadas, demonstrando déficit de heterozigotos. A Análise de Variância Molecular (AMOVA) mostrou maior variação dentro dos estoques do que entre eles. A diferenciação genética foi moderada e significativa entre os estoques, com maior diferenciação entre JP x PM e menor entre OP x PM. A análise bayesiana designou um valor ótimo de K = 3 agrupamentos. Embora exista uma diversidade genética moderada entre os filhotes, o alto SIF indica um possível declínio da diversidade nas próximas gerações e, portanto, sugere-se a incorporação de novos criadores para aumentar a diversidade genética nos três estoques.

Métricas

Carregando Métricas ...

Biografia do Autor

Angela Maria Urrea-Rojas, Universidade Estadual de Londrina

Discente do Programa de Pós-Graduação em Ciência Animal, Universidade Estadual de Londrina, UEL, Londrina, PR, Brasil.

Felipe Pinheiro de Souza, Universidade Estadual de Londrina

Discente do Programa de Pós-Graduação em Ciência Animal, Universidade Estadual de Londrina, UEL, Londrina, PR, Brasil.

Ed Christian Suzuki de Lima, Universidade Estadual de Londrina

Discente do Programa de Pós-Graduação em Ciência Animal, Universidade Estadual de Londrina, UEL, Londrina, PR, Brasil.

Andrei Lincoln Yamachita, Universidade Estadual de Londrina

Discente do Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UEL, Londrina, PR, Brasil.

Victor César Freitas Pandolfi, Universidade Estadual de Londrina

M.e em Ciência Animal, UEL, Londrina, PR, Brasil.

Sara Mataroli de Godoy, Universidade Estadual de Londrina

Pós-Doutoranda do Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, UEL, Londrina, PR, Brasil.

Ricardo Pereira Ribeiro, Universidade Estadual de Maringá

Prof. Dr., Curso de Zootecnia, Universidade Estadual de Maringá, UEM, Maringá, PR, Brasil.

Jayme Aparecido Povh, Universidade Federal de Mato Grosso do Sul

Prof. Dr., Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, UFMS, Campo Grande, MS, Brasil.

Ulisses de Pádua Pereira, Universidade Estadual de Londrina

Prof. Dr., Departamento de Medicina Veterinária Preventiva, UEL, Londrina, PR, Brasil.

Nelson Mauricio Lopera-Barrero, Universidade Estadual de Londrina

Prof. Dr., Departamento de Zootecnia, UEL, Londrina, PR, Brasil.

Referências

Abdul-Muneer, P. M. (2014). Application of microsatellite markers in conservation genetics and fisheries management: recent advances in population structure analysis and conservation strategies. Genetic Research International, 2014, 691-759. doi: 10.1155/2014/691759

Aguiar, J., Schneider, H., Gomes, F., Carneiro, J., Santos, S., Rodrigues, L. R., & Sampaio, I. (2013). Genetic variation in native and farmed populations of Tambaqui (Colossoma macropomum) in the Brazilian Amazon: Regional discrepancies in farming systems. Anais da Academia Brasileira de Ciências, 85(4), 1439-1447. doi: 10.1590/0001-376520130007

Aguiar, J. D. P., Gomes, P. F. F., Hamoy, I. G., Santos, S. E. B. D., Schneider, H., & Sampaio, I. (2018). Loss of genetic variability in the captive stocks of tambaqui, Colossoma macropomum (Cuvier, 1818), at breeding centres in Brazil, and their divergence from wild populations. Aquaculture Research, 49(5), 1914-1925. doi: 10.1111/are.13647

Araujo-Lima, C. R. M. & Goulding, M. (1997). So fruitful fish: ecology, conservation, and aquaculture of the Amazon's Tambaqui. New York: Columbia University Press, 1997.

Azevedo, R. M. D., Santos, H. O. D., Ferreira, R. A., Marçal, R. M., & Silva-Mann, R. (2013). Variabilidade genética em populações de Erythrina velutina Willd. por meio de isoenzimas. Revista Acadêmica: Ciências Agrárias e Ambientais, 11(1), 43-51. doi: 10.7213/academica.10.S01.AO05

Brabo, M. F., Fernando, L., Pereira, S., Abreu, D., Campelo, V., & Veras, G. C. (2016). Cenário atual da produção de pescado no mundo, no Brasil e no estado do Pará: ênfase na aquicultura. Acta of Fisheries and Aquatic Resources, 4(2), 50-58. doi: 10.2312/Actafish.2016.4.2.50-58

Costa, J., Freitas, R., Gomes, A. L., Carneiro, D., & Martins, M. I. (2016). Effect of stocking density on economic performance for Colossoma macropomum (Cuvier, 1816), juvenile in earthen ponds. Latin American Journal of Aquatic Research, 44(1), 165-170. doi: 10.3856/vol44-issue1-fulltext-18

Earl, D. A. & vonHoldt, B. M. (2012). STRUCTURE HARVESTER: a website and program for visualizing STRUCTURE output and implementing the Evanno method. Conservation Genetics Resources, 4(2), 359-361. doi: 10.1007/s12686-011-9548-7

Evanno, G., Regnaut, S., & Goudet, J. (2005). Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study. Molecular Ecology, 14(8), 2611-2620. doi: 10.1111/j.1365-294X.2005.02553.x

Excoffier, L., Laval, G., & Schneider, S. (2005). Arlequin ver. 3.0: an integrated software package for population genetics data analysis. Evolutionary Bioinformatics, 1(1), 47-50.

Food and Agriculture Organization (2020). The state of world fisheries and aquaculture 2020. Sustainability in action. Rome: FAO.

Goudet, J. (2002). FSTAT: a program to estimate and test gene diversities and fixation indices (version 2.9.3.2). Lausanne: University of Lausanne, Department of Ecology & Evolution; 2002. Retrieved from http://www2.unil.ch/popgen/softwares/fstat.htm

Jacometo, C. B., Lopera-Barrero, N. M., Rodriguez-Rodriguez, M. D. P., Gomes, P. C., Povh, J. A., Streit Jr, D. P.,.... Ribeiro, R. P. (2010). Variabilidade genética em tambaquis (Teleostei: Characidae) de diferentes regiões do Brasil. Pesquisa Agropecuária Brasileira, 45(5), 481-487. doi: 10.1590/S0100-204X2010000500007

Lopera-Barrero, N. M., Povh, J. A., Ribeiro, R. P., Gomes, P. C., Jacometo, C. B., & Silva, T. L. (2008). Comparison of DNA extraction protocols of fish fin and larvae samples: modified salt (NaCl) extraction. Ciencia e Investigación Agrarria, 35(1), 65-74. doi: 10.4067/S0718-16202008000100008

Lopera-Barrero, N. M., Rodriguez-Rodriguez, M. P., Fornari, D. C., Resende, E. K., Poveda-Parra, A. R., Braccini, G.,… Ribeiro, R. P. (2015). Genetic variability of broodstocks of Tambaqui (Teleostei-Characidae) from the northeast region of Brazil. Semina: Ciências Agrárias, 36(6), 4013-4021. doi: 10. 5433/1679-0359.2015v36n6p4013

Lopera-Barrero, N. M., Santos, S. C. A., Goes, E. S. R., Castro, P. L., Souza, F. P., Poveda-Parra, A. R.,... Ribeiro, R. P. (2016). Monitoramento e conservação genética de populações naturais de Prochilodus lineatus dos rios Pardo, Mogi-Guaçu e Tietê, São Paulo. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, 68(6), 1621-1628. doi: 10.1590/1678-4162-8791

Moraes, A. Neto, Ayres, D. R., Streit, D. P. Jr.,.Lopera-Barrero, N. M., Ferraz, P. B., Fº., Corrêa, R. A. C., Fº.,... Povh, J. A. (2017). Genetic diversity of tambaqui broodstocks in stock enhancement programs. Semina: Ciências Agrárias, 38(3), 1655-1659. doi: 10.5433/1679-0359.2017v38n3p1665

Nei, M. (1978). Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics, 89(3), 583-590.

Peakall, R., & Smouse, P. E. (2012). GenALEx 6.5: Genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research-an update. Bioinformatics, 28(19), 2537-2539. doi: 10.1093/bioinformatics/ bts460

Peixe Br (2020). Anuário Peixe Br da Piscicultura. Recuperado de https://www.peixebr.com.br/anuario-2020/

Pritchard, J. K., Stephens, M., & Donnelly, P. (2000). Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics, 155.(2), 945-959.

Ribeiro, R. P., Rodriguez-Rodriguez, M. P., Resende, E. K., Souza, F. P., Povh, J. A., Poveda-Parra, A. R.,... Lopera-Barrero, N. M. (2016). Genetic characteristics of Tambaqui broodstocks in the state of Rondônia, Brazil: implications on production and conservation. Semina: Ciências Agrárias, 37(4, Supl. 1), 2375-2386. doi: 10.5433/1679-0359.2016v37n4Supl1p2375

Rodriguez-Rodriguez, M. P., Lopera-Barrero, N. M., Vargas, L., Albuquerque, D. M., Goes, E. S. D. R., Prado, O. P. P. D., & Ribeiro, R. P. (2013). Caracterização genética de gerações de tilápia Gift por meio de marcadores microssatélites. Pesquisa Agropecuária Brasileira, 48(10), 1385-1393. doi: 10.1590/S0 100-204X2013001000010

Rousset, F. S. (2008). GENEPOP’ 007: a complete re-implementation of the GENEPOP software for Windows and Linux. Molecular Ecology Research, 8(1), 103-106. doi: 10.1111/j.1471-8286.2007.019 31.x

Santos, C. H. A., Santana, G. X., Sá Leitão, C. S., Paula Silva, M. N., & Almeida Val, V. M. F. (2016). Loss of genetic diversity in farmed populations of Colossoma macropomum estimated by microsatellites. Animal Genetics, 47(3), 373-376. doi: 10.1111/age.12422

Santos, M. D. C. F., Hrbek, T., & Farias, I. P. (2009). Microsatellite markers for the tambaqui (Colossoma macropomum, Serrasalmidae, Characiformes), an economically important keystone species of the Amazon River floodplain. Molecular Ecology Resources, 9(3), 874-876. doi: 10.1111/j.1755-0998. 2008.02331.x

Souza, F. P. de, Castro, P. L. D., Goes, E. S. D. R., Ribeiro, R. P., Santos, S. C. A. D., Lima, E. C. S. D., Murari, P. J. F., & Lopera-Barrero, N. M. (2018a). Genetic variability of Prochilodus lineatus in artificial and semi-natural reproduction. Italian Journal of Animal Science, 17(2), 321-325. doi: 10. 1080/1828051X.2017.1365312

Souza, F. P. de, Lima, E. C. S., Castro, P. L., Goes, E. S. R., Ribeiro, R. P., & Lopera-Barrero, N. M. (2018b). Contribuição parental em progênies de Curimba usando diferentes sistemas reprodutivos. Boletim do Instituto de Pesca, 44(1), 74-79. doi: 10.20950/1678-2305.2018.276

Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., & Kumar, S. (2011). MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods research resource. Molecular Biology Evolution, 28(10), 2731-2739. doi: 10.1093/ molbev/msr121

Waples, R. S. (2015). Testing for Hardy-Weinberg proportions: have we lost the plot? Journal of Heredity, 106(1), 1-19. doi: 10.1093/jhered/esu062

Wright, S. (1978). Evolution and genetics of populations. Variability within and among natural populations (p. 590, v. 4). Chicago: University of Chicago.

Downloads

Publicado

2020-11-06

Como Citar

Urrea-Rojas, A. M., Souza, F. P. de, Lima, E. C. S. de, Yamachita, A. L., Pandolfi, V. C. F., Godoy, S. M. de, Ribeiro, R. P., Povh, J. A., Pereira, U. de P., & Lopera-Barrero, N. M. (2020). Diversidade genética de estoque de Tambaqui (Teleostei - Characidae) da região Norte do Brasil usando marcadores microssatélites. Semina: Ciências Agrárias, 41(6Supl2), 3249–3258. https://doi.org/10.5433/1679-0359.2020v41n6Supl2p3249

Edição

Seção

Artigos

Artigos mais lidos pelo mesmo(s) autor(es)

1 2 3 4 5 > >>