Análise integrada de miRNAs e mRNAs associados a cromossomos B no ciclídeo Astatotilapia latifasciata
DOI:
https://doi.org/10.5433/1679-0367.2017v38n1suplp88Palavras-chave:
Cromossomos supernumerários, Genômica, miRNAoma, TranscriptomaResumo
OOs cromossomos supernumerários B são encontrados em uma variedade de organismos eucariotos e não seguem os padrões de segregação da herança mendeliana. No ciclídeo Astatotilapia latifasciata esse cromossomo está presente em ambos os sexos. No entanto, pouco se sabe sobre a função e comportamento desse elemento. Este trabalho teve como objetivo compreender a relação entre transcritos de mRNA e miRNA em gônadas de A. latifasciata, que possam estar ligadas ao fator sexo e presença do cromossomo B. Para construção do micRNoma de gônadas B+ e B- foram utilizadas bibliotecas de sequenciamento next-generation Illumina – HiSeq do Laboratório Genômica Integrativa (UNESP). As bibliotecas foram submetidas ao processo de filtro pelo software FASTX Toolkit 0.0.13. A identificação e análise de expressão dos microRNAs com base no genoma de A. latifasciata foi realizada através do programa miARma v1.5. Com a finalidade de prospectar 3’UTR dos possíveis targets submeteu-se o genoma e transcriptoma de A. latifasciata ao treinamento de máquina utilizando Augustus v3.1.0. A predição de interação 3’UTR:miRNA foi realizada por 3 softwares. Os melhores resultados foram selecionados (energia livre menor que -16 kcal/mol para miRanda v3.3a e FindTar3, e context-score maior que -0,2 para TargetScan 6.0), totalizando 2.048 predições. Como filtro para a seleção das interações relacionadas ao cromossomo B e sexo foi prospectado os targets que interagiram com miRNAs diferencialmente expressos em ambos os sexos B+ e B- (pvalue =< 0,05 e FDR =< 0,05). O resultado final mostrou uma lista que engloba 18 interações reportadas no banco de dados do TargetScanFish 6.2 envolvendo 9 genes e 5 miRNAs diferencialmente expressos. Além de funções relacionadas a ciclo celular e replicação do DNA (genes alvos fbxo33 e anxa11) foram encontrados nessa lista final genes envolvidos com organização e motilidade de microtúbulos (dnah5 e reep1). A interação dnah5:miR-460 ocorreu em fêmeas e machos B+. MiR-214 esteve diferencialmente expresso em fêmeas B+ e reportou como alvo o gene reep1. Os resultados contribuem para a investigação funcional do cromossomo B, pois, há processos celulares diferencialmente regulados em indivíduos B+, que estão sob controle de miRNAs.
Downloads
Publicado
Como Citar
Edição
Seção
Licença
Copyright (c) 2018 Semina: Ciências Biológicas e da Saúde
![Creative Commons License](http://i.creativecommons.org/l/by-nc/4.0/88x31.png)
Este trabalho está licenciado sob uma licença Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
Semina: Ciências Biológicas e da Saúde adota para suas publicações a licença CC-BY-NC, sendo os direitos autorais do autor, em casos de republicação recomendamos aos autores a indicação de primeira publicação nesta revista.
Esta licença permite copiar e redistribuir o material em qualquer meio ou formato, remixar, transformar e desenvolver o material, desde que não seja para fins comerciais. E deve-se atribuir o devido crédito ao criador.
As opiniões emitidas pelos autores dos artigos são de sua exclusiva responsabilidade.
A revista se reserva o direito de efetuar, nos originais, alterações de ordem normativa, ortográfica e gramatical, com vistas a manter o padrão culto da língua e a credibilidade do veículo. Respeitará, no entanto, o estilo de escrever dos autores. Alterações, correções ou sugestões de ordem conceitual serão encaminhadas aos autores, quando necessário.
Este obra está licenciado com uma Licença Creative Commons Atribuição-NãoComercial 4.0 Internacional.