Use of Comparative Modeling in Structural Determination of Yersinia´s Phytase

Authors

  • Mariane Oliveira Lemuchi Universidade Federal de São João Del-Rei –Campus Centro-Oeste – Bioquímica – 35501-296 Divinópolis – MG
  • Mariana Souza Vieira Universidade Federal de São João Del-Rei –Campus Centro-Oeste – Bioquímica – 35501-296 Divinópolis – MG
  • Paulo Afonso Granjeiro Universidade Federal de São João Del-Rei –Campus Centro-Oeste – Bioquímica – 35501-296 Divinópolis – MG
  • José Antônio da Silva Universidade Federal de São João Del-Rei –Campus Centro-Oeste – Bioquímica – 35501-296 Divinópolis – MG
  • William James Nogueira Lima Universidade Federal de Minas Gerais – Instituto de Ciências Agrárias – Departamento de Ciência de Alimentos – 39404-547 Montes Claros – MG
  • Daniel Bonoto Gonçalves Universidade Federal de São João Del-Rei –Campus Centro-Oeste – Bioquímica – 35501-296 Divinópolis – MG
  • Alexsandro Sobreira Galdino Universidade Federal de São João Del-Rei –Campus Centro-Oeste – Bioquímica – 35501-296 Divinópolis – MG
  • Moacyr Comar Jr Universidade Federal de São João Del-Rei –Campus Centro-Oeste – Bioquímica – 35501-296 Divinópolis – MG
  • Alex Gutterres Taranto Universidade Federal de São João del Rei - UFSJ

DOI:

https://doi.org/10.5433/2316-5200.2013v2n1p25

Keywords:

Homology modeling, computational biotechnology, bioinformatics

Abstract

Phytases (EC 3.1.3.8) when mixed into animal feed increases the nutritional quality by increasing the bioavailability of phosphate. However, the use of phytase is restricted due to its low bioavailability by gastric degradation. In order to develop acid-resistant phytase, a model of Yersinia phytase was built by comparative modeling. Initially, a search for templates structures following by build model was carried out using SWISS MODEL software. The built model was evaluated in relation of backbone stereochemistry by PROCHEK. Finally, the model was refinement by molecular dynamics simulations for 8 nanoseconds through AMBER software. As a result, the model has the same structural characteristics of template, Escherichia coli phytase, PDB: 1DKQ. This model will permit studies of directed mutagenesis in silico, allowing the development of phytases with more appropriate physicochemical properties.

Author Biographies

Mariane Oliveira Lemuchi, Universidade Federal de São João Del-Rei –Campus Centro-Oeste – Bioquímica – 35501-296 Divinópolis – MG

Mariana Souza Vieira, Universidade Federal de São João Del-Rei –Campus Centro-Oeste – Bioquímica – 35501-296 Divinópolis – MG

Paulo Afonso Granjeiro, Universidade Federal de São João Del-Rei –Campus Centro-Oeste – Bioquímica – 35501-296 Divinópolis – MG

José Antônio da Silva, Universidade Federal de São João Del-Rei –Campus Centro-Oeste – Bioquímica – 35501-296 Divinópolis – MG

William James Nogueira Lima, Universidade Federal de Minas Gerais – Instituto de Ciências Agrárias – Departamento de Ciência de Alimentos – 39404-547 Montes Claros – MG

Daniel Bonoto Gonçalves, Universidade Federal de São João Del-Rei –Campus Centro-Oeste – Bioquímica – 35501-296 Divinópolis – MG

Alexsandro Sobreira Galdino, Universidade Federal de São João Del-Rei –Campus Centro-Oeste – Bioquímica – 35501-296 Divinópolis – MG

Alex Gutterres Taranto, Universidade Federal de São João del Rei - UFSJ

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Published

2013-07-23

Issue

Vol. 2 No. 1 (2013)

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Artigos Científicos

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